Uralt, aber hilfreich – Apples Mail schrieb mal seinen Index in eine sqlite-Datenbank. Datenbank defragmentieren ging dann so;
Ab Capitan:
sqlite3 ~/Library/Mail/V3/MailData/Envelope Index vacuum
Von Lion bis Mavericks:
sqlite3 ~/Library/Mail/V2/MailData/Envelope Index vacuum
Und darunter:
sqlite3 ~/Library/Mail/Envelope Index vacuum